A manifestação do destinatário eletrônica (MD-e), também conhecida como manifesto eletrônico, é o registro de eventos pelo destinatário de uma nota fiscal eletrônica, para informar a SEFAZ sobre o conhecimento ou desconhecimento de nota emitida para sua empresa.
Para utilizar o recurso, acesse Fiscal - Manifesto;

Primeiramente é necessário realizar a consulta dos documentos emitidos para sua empresa, para isso, acesse o menu Ação - Consultar manifestos;

Caso não tenham emitido nenhuma nota para sua empresa, retornará a mensagem:

Caso tenham, retornará a listagem de notas em sua tela, marque o documento que deseja manifestar e na ação, escolha Manifestar nota;

Em seguida, escolha o Status, entre eles estão:

Por fim, é possível vincular uma Justificativa de no Mínimo 15 caracteres quando selecionada a opção: Operação não realizada, as demais não é necessário justificativa.
Após Confirmar a operação é possível obter o XML da nota, para isso, escolha a nota a qual confirmou a operação, clique em Ação - Gerar XML da nota;

Clique em confirmar para acessar o XML;
O XML será gerado na tela, clique com o botão direito - salvar como e escolha um local em sua máquina para salvar;

Feito isso, você poderá importar o XML.
Algumas informações do que pode estar causando o consumo indevido no momento da Consulta do MD-e.
Verificamos que se a contabilidade do cliente utiliza um sistema chamado SIEG, onde ele busca as notas automaticamente, sendo esse o responsável por consumo indevido.
Em algumas situações contador afirma que eles não fazem isso, porque de fato não sabem que o sistema traz automaticamente as notas.
Possíveis problemas nas consulta de MD-e:
Ou seja, não é algo diretamente do sistema, foram feitas melhorias para auxiliar para que o cliente não fique consumindo as consultas enquanto não pode.
Importante estarmos atentos a isso. Quem tem acesso ao seu certificado? Contabilidade, como usa? Tem sistema que faz consulta automática?. Além disso, ainda tem a questão que envolve a própria SEFAZ.
Tem a possíbilidade do CNPJ/certificado estar bloqueado.
Quando a entrega da consulta não retorna todas as notas, a própria SEFAZ diz que não é obrigatório a entrega de 100% dos XMLs, visto que a obrigatoriedade do envio do XML é o emitente.