O MD-e é uma espécie de recibo da nota fiscal. É uma forma do destinatário informar à Receita que tem ciência daquela nota. Desta forma sua empresa tem uma ferramenta que verifica todas as notas emitidas contra seu CNPJ e possibilita que você avise ao Fisco sobre notas emitidas por terceiros sem o seu conhecimento.
Cada Estado possui autonomia para legislar sobre seus prazos e obrigações, além de cumprir as exigências nacionais. Em muitos casos o destinatário de uma NF-e tem a obrigação de realizar a Manifestação do Destinatário.
É possível emitir o MD-e pelo gerenciador de NFe é importante que o sistema esteja atualizado, para saber como atualizar clique aqui.
Para efetuar a manifestação, dentro do Gerenciador de Notas Fiscais Eletrônicas, vá até o menu Opções e clique em Eventos da Nota Fiscal Eletrônica – Manifestação do Destinatário.

Será exibida a tela inicial. Clicando no botão Buscar Pendentes o sistema irá consultar na Secretaria da Fazenda as notas fiscais que estão pendentes de confirmação e as mesmas serão apresentadas em sua tela;

Então selecione a nota fiscal e clicar no botão Manifestar NFe.
Feito isso, será necessário que informe a Secretaria da Fazenda se a empresa tem Ciência da Emissão, Confirmação da Operação, Desconhecimento da Operação ou Operação Não Realizada. Se caso selecionar a opção Operação Não Realizada, deve ser informada uma justificativa com no mínimo 15 caracteres.
Após selecionar a devida confirmação, basta clicar em Processar.

DICA: Para verificar o Evento de Manifestação do Destinatário, acesse o Portal da NFe e efetue a consulta a partir da Chave de Acesso da NFe.
Caso queira, poderá verificar o que significa cada manifestação diretamente no portal da SEFAZ
OBS: Em caso de dúvidas em relação a esta operação, deverá consultar a sua contabilidade.
IMPORTANTE! Somente buscará as notas caso seu sistema esteja configurado em PRODUÇÃO!
É possível efetuar o download do XML das notas já manifestadas! Podendo assim ter os XMLs arquivados em seu computador, inclusive poderá realizar a Importação do XML para nota de compra após manifestar.
Para efetuar o download do XML, é necessário primeiramente manifesta-la, conforme procedimentos descritos aqui, após manifestar, criará uma confirmação ao lado da nota, notificando que já houve a manifestação da mesma:

Após escolher a nota que deseja o XML, clique no botão
e escolha onde deseja salvar o arquivo.
IMPORTANTE! Somente irá liberar o botão de download do XML caso tenha marcado a opção Confirmação da Operação
É possível importar o XML do MDe diretamente na nota de compra, para saber como realizar este procedimento clique aqui
Algumas informações do que pode estar causando o consumo indevido no momento da Consulta do MD-e.
Verificamos que se a contabilidade do cliente utiliza um sistema chamado SIEG, onde ele busca as notas automaticamente, sendo esse o responsável por consumo indevido.
Em algumas situações contador afirma que eles não fazem isso, porque de fato não sabem que o sistema traz automaticamente as notas.
Possíveis problemas nas consulta de MD-e:
Ou seja, não é algo diretamente do sistema, foram feitas melhorias para auxiliar para que o cliente não fique consumindo as consultas enquanto não pode.
Importante estarmos atentos a isso. Quem tem acesso ao seu certificado? Contabilidade, como usa? Tem sistema que faz consulta automática?. Além disso, ainda tem a questão que envolve a própria SEFAZ.
Tem a possíbilidade do CNPJ/certificado estar bloqueado.
Quando a entrega da consulta não retorna todas as notas, a própria SEFAZ diz que não é obrigatório a entrega de 100% dos XMLs, visto que a obrigatoriedade do envio do XML é o emitente.