Ao tentar enviar uma NF-e a seguinte mensagem pode ser apresentada:
Rejeição: "539 - Duplicidade de NFe com diferença na chave de acesso" ou "613 - Código numérico informado na chave de acesso não confere com o código informado na NFe"
Segundo o próprio Manual de Orientação do Contribuinte, essa rejeição deve ser apresentada quando: “Uma NF-e com mesmo CNPJ Emitente, Modelo, Série e Número já está cadastrada na SEFAZ, com diferença na Chave de Acesso, o Código Numérico ou outras posições da Chave de Acesso”.
1) Primeiramente realize o download e instalação da última atualização disponível.
2) Após atualizar, verifique se a nota encontra-se pendente no Gerenciador de NFe e também no módulo de Vendas do Clipp Store, ou seja, a nota deverá estar na cor PRETA em ambos os módulos. Se a nota estiver pendente, localize-a no Gerenciador de NFe e clique no botão Excluir Registro.
3) Após excluir o registro da NFe, acesse o módulo da Nota Fiscal Eletrônica no Clipp Store, reabra a nota e finalize-a. Desmarque todas as opções (não é necessário transmitir a nota) e clique em OK.
4) Abra novamente o Gerenciador da NFe, selecione a nota e pressione F5, ou clique em Arquivo > F5 - Consultar NFe.
- Abra o Gerenciador de NFe, clique duas vezes sobre a chave de acesso da nota até que ela fique selecionada e copie o Número de Identificação da Nota Fiscal (ID NFe);

- Acesse o link http://www.nfe.fazenda.gov.br, clique no menu Serviços e em seguida Consultar NFe Completa;
Obs: O procedimento deve ser feito através do Internet Explorer, isso pelo fato do certificado estar instalado nesse navegador.

- Então agora cole o Número de Identificação da Nota Fiscal que foi copiado anteriormente, digite o código de verificação e clique em Continuar;

Caso retornar a mensagem "NF-e INEXISTENTE na base nacional, favor consultar esta NF-e no site da SEFAZ de origem." deverá entrar em contato com a contabilidade da empresa e solicitar a chave de acesso correta desta nota, com essas informações em mãos, entre em contato com nosso suporte.
Palavras-chave: Código numérico informado na chave de acesso não confere com o código informado na NFE. Duplicidade de NF-e com diferença na chave de acesso